学会参加報告 - ICUD 2017@ Prague

ICUD!

お久しぶりです、柳原です。

今月中旬にチェコプラハで開催された学会、

International Conference on Urban Drainage (ICUD) にて研究発表を行いました。

I attended ICUD 2017 in Prague and presented my research. 

 

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▲学会会場にて:本研究室からは中島先生と私が参加しました

 

学会全体としては水理モデル(氾濫・洪水解析等)に関する研究発表が目立ちますが、

今回は例年よりもdiffuse pollutionに関する発表も多かったです。

次回は3年後、メルボルンとのことです!

チェコといえば

チェコプラハ=美しい街並み、というイメージですが

天気や時間に恵まれず良い写真が撮れなかったため、

もぐらのクルテクを紹介して終わります。

チェコの作家、Zdeněk Milerによるアニメシリーズは広く愛されており、

町中でクルテクを見かけました。学会での緊張と疲れを癒してくれる存在でした!Zdeněk Miler

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▲市民権を得ているクルテク(左:電柱/ 右:空港)

 

さて、新学期もはじまり来週から研究室ミーティングも始動します。

みなさんにとって実り多きSemesterになりますように!

 

M. Y

論文引用・共著関係から辿る東大都市工の歴史 ~Research history of our department~

こんにちは、日置です。

最近、グラフ理論とそれを用いたネットワーク分析に興味を持ってます。遊びで、都市工学科から公表された学術論文の引用・共著関係を対象に、ネットワーク分析をおこなってみました。

これが意外と、都市工での研究の歴史を知るのに適した良い分析結果かもしれません。

In this article, the bibliometric networks of scientific publications by researchers in our department (Urban Engineering, Univ. Tokyo) were analyzed and visualized. This is just my practice.

 

ネットワーク分析って何?という話はとりあえず置いといて、いきなり本題に入っていきましょう!

 

もくじ

1. 対象データ・手法

2. 結果その①:引用-被引用関係

3. 結果その②:共著関係

4. 結果その③:キーワード

5. 補足

 

 

 

1. 対象データ・手法

今回は、大垣眞一郎・滝沢智・花木啓祐・古米弘明・味埜俊・山本和夫(敬称略、五十音順)の6先生のいずれかが著者に入っている論文496本の情報をWeb of Scienceから取得しました。同姓同名の別著者がいる場合は、手作業で除外しました(この作業が一番面倒)。

Bibliometric information (such as title, authors , year and citation) on publications by Prof. Furumai, Prof. Hanaki, Prof. Mino, Prof. Ohgaki, Prof. Takizawa, Prof. Yamamoto  was retrieved from Web of Science. 

 

この記事のタイトルに東大都市工と書きましたが、もうお分かりのように都市工の環境系のみ対象にしています。計画系お目当ての方、ごめんなさい。

なぜこの人選なのか、なぜあの先生が入ってないんだ、とツッコミはあるかとは思いますが、なにとぞお許しを…。私の独断です。一応、長く都市工で論文を出されている先生方を選んだつもりです。都市工所属の期間が短い方を対象にすると別の所属時の論文が入ってしまって、都市工の歴史を探るという今回の趣旨からずれてしまうので。あと、都市工設立時の文献は英語論文が主流じゃないっぽいので、英語論文がこの分野でも主流になってから(1980年以降?)の情報を対象にしたという事情もあります。

You may ask why I selected the above 6 professors. I think their publications represent well all the scientific papers in English published from our department. 

 

肝心のネットワーク分析手法ですが、CitNetExplorerとVOSViewerを用いました。どちらも論文情報のネットワーク関係をおこなう専用のフリーソフトです。詳しくはググってください。

I used free software CiteNetExplorer and VOSViewer.

 

 

2. 結果その①:引用-被引用関係

さっそく結果を見てみましょう。

まずは全496論文から100論文を示します。丸一つ一つが論文を示しており、その中の文字は第一著者の名前です。丸の色は、各論文が属するクラスターを示しています(この場合、全9クラスター)。縦軸は出版年で、下の行くほど新しくなっています。

You can see the citaton networks of all 496 papers in the figure below. Each circle represents a paper, and a name inside each circle indicate the first author.

 

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  ▲Citation network of all 496 papers. 

 

これでは分かりにくいので、各クラスターごとに詳しく見てみましょう。まずは、論文数が一番多かった下のクラスターです。

 

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  ▲Citation network in cluster 1: virus research. 

 

ウイルス関係クラスターですね。中心人物は大垣先生、片山先生でしょうか。中でも良く引用されている論文がKatayamaら(2002)です。海水中ウイルスの濃縮法を確立した論文ということで、その手法が後の論文に多く引用されているようです。図の左上部分で被引用の多い論文はKetratanakul and Ohgaki (1989)で、これは下水処理場内での大腸菌ファージの挙動を調べた研究みたいです(たぶん)。

大垣先生・片山先生が中心ではないグループでも、山本研(左側)・滝沢研(右側)の論文がこのクラスター内に含まれている、あるいはこのクラスターの論文を引用していますね。

 

※各論文に関するコメントは、アブスト・タイトルのみを読んだ私の感想なのであまりあてにしないでください。もし間違っていたらご指摘いただけると幸いです。

 

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ヨコエビのお引越し

こんにちは。オーストラリアの少年がヨコエビに噛まれたとか、いやあの犯人はヨコエビではないとか、水深8000mの深海に降ろした観測装置にヨコエビが集まってきたとか、近頃なにかと話題のヨコエビですが、本研究室でも飼育しています。

 

そのヨコエビの引越しを1か月ほど前におこないました! 

Culture tanks for an amphipod Grandidierella japonica were moved to a new place about a month ago.

 

飼育槽を入れていたインキュベータが壊れてしまったため、新しいインキュベータを購入して飼育槽を移し替えました。

This is becuase the old incubator with tanks inside was suddenly broen. We bought an new incubator, and moved the tanks to the new one.

 

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 ▲Tanks in the old incubator

 

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 ▲Aquariums were transferred to ...  

 

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 ▲a new incubator !!

 

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 ▲New incubator !!!!

 

中々大変な作業でしたね…。

ヨコエビグループの皆さん、お疲れさまでした~。

 

 

K. Hiki

卒論生に読んでほしいwebサイト5選

This article is mainly for Japanese undergraduate students. 

 

こんにちは! もう学部四年生が研究室に配属されましたね。

はじめての研究、どうしたら良いのか分からない。そんな卒論生に向けて、「お前ら研究ってのはこうやるんだぜ」的なtipsブログを書いて先輩面してやろうかなと思いました。

が、ネット上には既に良質な経験談・コツ・ハウツーがたくさん公開されてます。なので、自分で新しく書くよりネットのお薦めサイトを紹介した方が有益かも…、と考え直し、この記事ではそんな良質サイトの紹介をしたいと思います! 流行り(?)のキュレーションですね。

  

 

 

もくじ

1. 卒論を始めるにあたっての心構え

2. 論文の読み方

3. 進捗報告のやり方

4. 発表に向けて

5. お薦めの書籍

 

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NGS現場の会に参加してきました

今週、仙台で開かれたNGS現場の会第五回研究会に参加してきました。いやはや、めっちゃ楽しかったです。

I attended NGS Field Meeting held in Sendai this week. 

 

 

●NGSとは

NGSとは、Next Generation Sequencer (もしくはSequencing; 次世代シーケンサー)の略で、2000年代に登場したDNA塩基配列を高速で読む機械・技術のことです。

登場して10年以上も経って今更「次世代」もないだろということで、略称のNGSだけを研究会の名前に使ったのだとか。

 

f:id:YamamotoLab:20170525213842j:plain ▲会場の仙台国際センター 

 

 

●ポスター発表しました

私はまだまだNGS初心者中の初心者で、主に勉強のために参加したのですが、せっかくなのでポスター発表もしてきました。ゲノム配列がほぼ知られていないヨコエビのcDNA配列一部を、NGSによって読んだというものです。

My poster presentatin was about de novo transcriptome analysis of a non-model amphipod. 

 

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▲発表ポスター 

 

 

●ナノポアシーケンサー

今回いちばん盛り上がってたのは、やはりOxford Nanopore TechnologiesのNGSでしょう。特にMinIONというシーケンサー

手のひらサイズで、立派なラボのない途上国でも宇宙船でもシーケンス可能。数十kbのロングリードを読める。準備からシーケンス結果の閲覧まで早くて1時間ほど*1。さらにcDNAでなく、RNAをダイレクトにシーケンスできる。スゴい…。

ネックだったaccuracyも改善して、既に95%を超えたとか。まだIlluminaなどのショートリードシーケンサーのaccuracyには届きませんが、もう少し待てば…?

 

大げさですが、新しい時代が来てるなと本当に感じましたね。私も早く使おうと画策中です*2! 

 

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▲MinION(Oxford Nanopore Technologies社のHPより

 

 

●他にも色々な企画が

現場の会というだけあって口頭発表と同時進行でシーケンスをしたり、ゲノム解読中の里芋を使った芋煮がでたり、と面白い企画が色々ありました。

 

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▲ゲノム芋煮

 

 

K. Hiki

*1:場合によるみたいですが。

*2:The author have no conflicts of interest directly relevant to this product.

Paper published in EES (Hiki et al., 2017)

論文がEcotoxicology and Environmental Safety誌でpublishされました!

Hiki K., Nakajima F., and Tobino, T., 2017, Application of cDNA-AFLP to biomarker exploration in a non-model species Grandidierella japonica, Ecotoxicol. Environ. Saf., 140, 206-213. DOIのリンク

 

 cDNA-AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism)というmRNAのプロファイリング手法を有害物質のバイオマーカー探索に適用した論文です。

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Farewell party (2016 Winter)

先日、博士課程のWilailuk Niyommaneeratさん(Kaeさん)の送別会を開きました!

OB・OGも、忙しいなか参加してくれました。

We had a farewell party for Dr. Wilailuk Niyommaneerat. 

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 ▲後光がさしている山本先生

 

Kaeさん、修了おめでとうございます。

送別会でKaeさんがあいさつしている間、日本に来てからもう3年以上経ったのかと色々思い出して、ちょっとうるっと来てしまいました…。タイに帰ってもお元気で!

 

 

K. HIKI