2015-12-29

Almuni party 2015

研究室のようす

先週、研究室の同窓会を開催しました。現役生・卒業生含め総勢35名の方々に集まっていただきました～。みなさん、ありがとうございました！

We had a party for our lab alumni last weekends. We had totally 35 participants. Thank you !

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K. HIKI

2015-11-17

論文紹介のやり方 ~How to introduce research papers~

研究・実験

今回は卒論生～M1向けの記事です。

Mainly for bachelor's and M1 students.

研究室のメンバーが定期的に集まって、論文を紹介しあう。

論文セミナーとかジャーナルクラブとかの呼び名で、多くの研究室でやられていることだと思います。本研究室でも、Lab meetingと言ってほぼ毎週おこなっています（参考：今学期のLab meetingスケジュール）。

We introduce research papers to other lab members in Lab meeting. This article is about "how to introduce research papers".

有意義で快適な"論文紹介"のために…

学部生やM1にとって、論文紹介は地獄のような時間かもしれません。ぶっちゃけ僕がM1の頃はそう感じてました…。

というのも自分が論文紹介をする時は、

（自分で選んだくせに）論文が理解できてない
先生からの鋭い突っ込みに答えられない
英語がうまく話せない
「誰も自分の紹介論文に興味なさそう」という被害妄想が生まれる
または本当に論文の選択が悪い
そもそもどういう論文を紹介すべきか分かってない

、、、などなど暗澹たる状況でした。

そして他人の発表を聞く時は

壊滅的に内容が分からない
もはや何が分からないのかすら分からない
ていうか発表者と自分との研究内容違いすぎ…
笑われそうで質問もできない
ただただ時間が過ぎるのを耐え忍ぶのみ

、、、という状態でした。

しかしここ2~3年でようやく地獄から天国になった、かどうかは分かりませんが、とにかく結構楽しめるようになってきました。

楽しめるようになった最大の理由は、先に身も蓋もないことを言うと、読んだ論文数とか発表回数とか、量をこなしたことだと思います。とは言え「お前らもあと2~3年経てば俺のところまで来れるぜww」ではあまりにもアレなので、今回は論文紹介を有意義かつ快適に過ごすためのコツ?を僕なりに紹介したいと思います。

▲ずいぶん前のLab meeting

注：以下に書いてある内容は研究室の公式見解ではなく、日置の私見です。ご指摘・お叱り・賛辞等は私個人までお願いします。

卒業生によるSpecial seminar

研究室のようす

●渡部さんによるプレゼン

本専攻を卒業後、国立環境研究所にて研究員として働いていらっしゃる渡部さん。

研究室ミーティングにお招きして研究を紹介していただきました。

研究内容は難しく感じましたが、非常に勉強になりました。

●夜はパーティー

いろんなお話を伺うには飲み会も必要ですよね♪

またの機会にお会いできることを楽しみにしています！

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M.Y

2015-10-28

Seawater sampling @ Shinagawa

研究・実験

先日、品川駅近くまで海水のサンプリングに行ってきました～。すごく良い天気で、長袖だと暑いぐらいでしたね。

We went to Shinagawa for sampling of seawater. It was a very fine day!

▲Pictures of seawater sampling

K. HIKI

2015-10-16

Lab Meeting in 2015 Winter

研究室のようす

こんにちは、日置です。

今学期も本研究室では、所属教員・学生が集まってのミーティングをほぼ毎週行います。（前学期のミーティングに関してはこちら参照。）

Also in this semester, Lab Meeting will be held to share the knowledge of each student/researcher. All students and researchers in our laboratory are expected to attend this meeting.

スケジュール Schedule

毎回、論文紹介（または各自の研究の進捗報告）を順番におこないます。今学期はスペシャルゲストにも来ていただく予定です*1！

I would like all presenters to introduce a scientific paper or their own research progress. The schedule is shown in the following table. We have a special guest in this semester ...

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▲今学期のLab meeting schedule

紹介された論文たち Papers introduced in the meeting

以下は、Lab meetingで紹介された論文です。随時更新します。

Clark S.L. et al., 2015, Comparative sensitivity of field and laboratory populations of Hyalella azteca to the pyrethroid insecticides bifenthrin and cypermethrin, Environ. Toxicol. Chem., 34(10), 2250-2262.
Palma P. et al., 2016, Ecotoxicological endpoints, are they useful tools to support ecological status assessment in strongly modified water bodies?, Sci. Total Environ., 541, 119-129.
Cooper C.A. et al., 2013, Influence of salinity and dissolved organic carbon on acute Cu toxicity to the rotifer Brachionus plicatilis, Environ. Sci. Technol., 48, 1213-1221.
Li H. et al., 2015, Effects of Tris (1,3-dichloro-2-propyl) Phosphate on growth, reproduction, and gene transcription of Daphnia magna at environmentally relevant concentrations, Environ. Sci. Technol., 49(21), 12975-12983.
Campana O. et al., 2012, Sub-lethal effects of copper to benthic invertebrates explained by sediment properties and dietary exposure, Environ. Sci. Technol., 46, 6835-6842.
Bhattacharjee A.S. et al., 2015, Bacteriophage therapy for membrane biofouling in membrane bioreactors and antibiotic‐resistant bacterial biofilms, Biotechnol. Bioeng., 112(8),1644-1654.
Pavlaki M.D. et al., 2014, Changes of chemical chronic toxicity to Daphnia magna under different food regimes, Ecotoxicol. Environ. Safety, 109, 48-55.
de Boer T.E. et al., 2015, Combined transcriptomics analysis for classification of adverse effects as a potential end point in effect based screening, Environ. Sci.Technol., 49(24), 14274-14281.

今学期に紹介された8本中4本がESTだったようです。

さらに追記。2016年度の夏学期に紹介された論文たちです。

Taylor N.S. et al., 2016, Predicting chronic copper and nickel reproductive toxicity to Daphnia pulex-pulicaria from whole-animal metabolic profiles, Environ. Pollut., 212, 325-329.
Piggott M.P., 2016, Evaluating the effects of laboratory protocols on eDNA detection probability for an endangered freshwater fish, Ecol. Evolution, 6(9), 2739-2750.
Lee S., 2016, Crossing the Border between Laboratory and Field: Bacterial Quorum Quenching for Anti-Biofouling Strategy in an MBR, Environ. Sci. Technol., 50(4), 1788-1795.
de Haas E.M. et al., 2004, Combined effects of copper and food on the midge Chironomus riparius in whole-sediment bioassays, Environ. Pollut., 127(1), 99-107.
Halpern B.S. et al., 2012, An index to assess the health and benefits of the global ocean, Nature, 488(7413), 615-620.
Wold S. et al., 2001, PLS-regression: a basic tool of chemometrics, Chemometrics Intell. Lab. Systems, 58(2), 109-130.
Burgess R., 2001, An improved protocol for separating meiofauna from sediments using colloidal silica sols, Mar. Ecol. Prog. Ser., 214, 161-165.
Yates E.A. et al., 2002, N-acylhomoserine lactones undergo lactonolysis in a pH-, temperature-, and acyl chain length-dependent manner during growth of Yersinia pseudotuberculosis and Pseudomonas aeruginosa, Infection and Immunity, 70(10), 5635-5646.
Barnes M.A. et al.,2014, Environmental conditions influence eDNA persistence in aquatic systems, Environ. Sci Technol., 48(3), 1819-1827.
Nye J.A. et al., 2013, The relative impact of warming and removing top predators on the Northeast US large marine biotic community, Ecol. Modelling, 264, 157-168.