ICP-MSのお掃除をしました
こんにちは。研究室ブログの主、日置です。誰か更新しよう！
今月の頭に、ICP-MS（Inductively Coupled Plasma-Mass Spectrometry）のメンテナンスをしました。ICP-MSは他の研究室と共同で、重金属分析などに利用してます。
At the beginning of this month, we had maintenance of ICP-MS.
●掃除 Cleaning
ICP-MSマスター倉鍵君の指揮で、主にICP部とインターフェイスの掃除をしました。インターフェイスのコーンの汚れは相当で、新品と比べるとその酷さが分かります…。数年間は掃除も交換もされていなかったみたいです。
We cleaned mainly ICP-part and interface. ICP corn was havily polluted as shown in the picture below.
実験機器のメンテナンスは大事ですが、こうやって皆でやらないと中々やらないもんですねー。
K. HIKI
Oskar Modin先生がいらっしゃいました
先日、本研究室の卒業生のOskar Modin先生がいらっしゃいました。Oskar先生は本研究室で博士号を取得され、現在はスウェーデンのChalmers大学で准教授をされています。
Dr. Oskar Modin visited our department. Dr. Oskar completed his Ph.D in 2008 at our laboratory.
Oskar先生は、微生物燃料電池（Microbial Fuel Cells: MFC）や微生物電解セル（Microbial Electrolysis Cells: MEC）についての研究紹介をして下さいました。
Dr. Oskar gave us a lectue entitled "New applications of microbial electrochemistry".
夜は、Oskar先生と奥さんとお子さんもご一緒されての飲み会でした～。
K. HIKI
今学期（2015夏）も研究室ミーティングやります
こんにちは、日置です。
今学期も本研究室では、所属メンバーが集まってのミーティングをだいたい隔週でおこないます。（前学期2014冬のミーティングに関してはこちら参照。）
In this semester, Lab Meeting will be held to share the knowledge of each student/researcher. All students and researchers in our laboratory are expected to attend this meeting.
●スケジュール Schedule
今学期は前学期からのメンバー変化があまりないので、進捗報告はやめて論文紹介だけを実施します。
In this semester, we don't have presentation on research progress. I would like all presenters to introduce a scientific paper. The schedule is shown in the following table.
●おまけ：関連のありそうな学術誌
論文を選ぶ材料の一つに、何の雑誌 journal に論文が載っているか、があります。もちろん雑誌が有名だからといって良い論文とは限らないし、有名でない雑誌だからといって良い論文がないとは言えません。
なのであくまで参考としてですが、本研究室の研究領域をカバーしている学術誌には下のようなものがあります。昔興味本位で作ってみた表です。雑誌の影響度を示す指標であるインパクトファクターと一緒に示します。というか、僕の研究対象である生態毒性・水環境汚染に関する学術誌です。本研究室で扱っている水処理・微生物関連の雑誌は詳しくないので…。
●追記 (2015.07.25)
ミーティングで紹介された論文は下記のものです。下のリストを見れば、今の本研究室がどのようなことに興味を持っているか、おおよそ分かるかもしれません。
Papers reviewed in this meeting was following:
- Hasenbein M. et al., 2014, Transcriptomic profiling permits the identification of pollutant sources and effects in ambient water samples, Sci. Total Environ., 468-469, 688-698.
- Kemble N.E., 1999, Tolerance of freshwater test organisms to formulated sediments for use as control materials in whole-sediment toxicity tests, ETC, 18(2), 222-230.
- Maity S. et al., 2013, Elucidating causes of Diporeia decline in the Great Lakes via metabolomics: Physiological responses after exposure to different stressors, Physiol. Biochem. Zool., 86(2), 213-223.
- Sison-MAngus M.P. et al., 2015, Water fleas require microbiota for survival, growth and reproduction, ISME J, 9, 59-67.
- Lou T. and Xie H., 2006, Photochemical alteration of the molecular weight of dissolved organic matter, 2006, Chemosphere, 65, 2333-2342.
- Scott C.P. et al., 2009, The effect of genetic and environmental variation on metabolic gene expression, Mol. Ecol., 18, 2832-2843.
- Pane E.F., Smith C., McGeer J.C. and Wood C.M., 2003, Mechanisms of acute and chronic waterborne nickel toxicity in the freshwater cladoceran, Daphnia magna, Environmen. Sci. Technol., 37(19), 4382-4389.
- Li X.Y. and Chu H.P., 2003, Membrane bioreactor for the drinking water treatment of polluted surface water supplies, Water Res., 37(19), 4781-4791.
- Leonard J.A., Cope W.G., Barnhart M.C. and Bringolf R.B., 2014, Metabolomic, behavioral, and reproductive effects of the synthetic estrogen 17 α-ethinylestradiol on the unionid mussel Lampsilis fasciola, Aquatic Toxicol., 150, 103-116.
- Yang R. and Van Den Berg C.M., 2009, Metal complexation by humic substances in seawater, Environ. Sci. Technol., 43(19), 7192-7197.
K. HIKI
水槽で赤潮（？）が発生した！
先週の16,17日は卒論発表でした。みんな、素晴らしい発表でした。トラブルもなく無事発表を終えられて良かったです。お疲れ様でした～。
The defense of bachelor thesis was held last week.
●赤潮発生!
先日、汽水産ヨコエビであるニホンドロソコエビを飼っている水槽で赤潮のようなものが発生しました。
Red algal bloom was found in our aquarium in which estuarine amphipods are maintained.
水槽の壁面近くが赤く染まっていました。ちなみに写真の他の部分が茶色いのは、ヨコエビが潜るための河川の泥（底質）を入れているからです。
Red algal bloom was found especially alongside the wall. Brown color is sediment. River sediment has been provided becuase the amphipods are benthic species.
曝露実験に用いるためにヨコエビを底質ごと取り出し、その底質を水槽に戻した直後の出来事でした。
Sediment and amphipods were took from the aquarium in order to start exposure test. This bloom was happened just after sediment was returned back to the aquarium.
●すぐに収束しました
赤潮はエアレーションによって発泡していましたが、放っておくと数時間後にはおさまり、今度は一面が薄く緑色に変わりました（写真では分かりにくいですが…）。
Red algal bloom disappeared within few hours, and then green algal bloom occured.
●原因・対策は？
本研究室ではニホンドロソコエビを5年間以上飼育していますが、このようなことが起きたのは僕の知る限り初めてです。
底質に栄養塩が蓄積していて、その栄養塩を底質ごと水槽へ一度に戻したことが、藻類の急激な増殖を招いた原因なのでしょうか？
なかなか不思議です。
●追記 (2015.02.28): 赤潮溶液のEEM
せっかくなので、発生した赤潮の簡単な解析をおこないました。分光蛍光光度計を使って、励起蛍光マトリックス（Excitation-Emission Matrix; EEM）を作成しました。
Three dimentional Excitation-Emission Matrix (EEM) was obtained to evaluate characteristics of red algal bloom.
EEMを作成したのは ①対照系として何も起きていない水槽の水、②赤潮水槽の藻類溶液、③赤潮後の緑藻溶液の3種類です。測定には遠心分離後の上澄みを用いました。
I compared the following three samples: i) brine water in another aquarium (control) ; ii) red algal solution; iii) green algal solution. All samples were analyzed after centrifugation.
3つのサンプルを比較すると、赤潮の藻類溶液（上図②）には他のサンプルには見られないピークがあります。それらピークの位置は励起波長225-230 nm・蛍光波長320-360 nmと、励起波長270-280 nm・蛍光波長320-360 nmでした。これら2つのピーク位置は、タンパク質由来のピークとして報告されているものとおおよそ一致します*1。
Two peaks were found in the only red algal solution. These peaks are reported to be derived from protein-like compounds (Coble, 1996, Mar. Chem.).
ちなみにコントロール系（上図①）と緑藻溶液（上図③）に見られるピークは、フミン質由来です。赤潮サンプル（上図②）でも同じ位置にピークが見られます。ただ赤潮サンプルだけ、測定前にMilli-Q水で希釈しているので強度は低くなっています。
K.HIKI
*1:参照：Coble, 1996, Mar. Chem.
今学期の輪講：数理生態学
We had RINKO, a class organized by students, about "mathematical ecology" in this semester.
今学期は「数理生態学」の輪講を開きました。ちなみに前学期（2014年夏）は、放射性物質に関する輪講でした。
●概要・進め方
数理モデルを使ってどのような応用ができるのか、生態系の諸現象を具体例にして学びました。教科書には「数理生物学入門ー生物社会のダイナミクスを探るー（巌佐庸）」を用い、1章を1~2人に分けて各自2回ずつ発表しました*1。全21章のボリュームのある本なので、13回の輪講の中では厳選して1-3, 10, 11, 14, 16, 17章のみを取り上げました。
●内容
数学的なツールとしては微積分、線形代数（行列・ベクトル）とゲームモデルを主に扱いました。生態学的なトピックで対象にしたものは個体群動態、種間競争、性システムなどです。
●個人的な感想
生態学的な話題は、自身の研究にも関係してくるのでかなり勉強になりました。特に、なんとなくでしか理解できていなかった個体群レベルのリスク評価について、少しは深く分かるようになったのが嬉しいです。
一方でゲーム理論など、これまでの自身の研究に関係してこなかった理論に触れることができたことも面白かったです。今回はほとんど扱わなかった確率分布に関する話もいつか勉強したいですね*2。
輪講の進め方では、少し詰め込みすぎて一つ一つのトピックについて議論する時間が足りなかったことが反省点です。事前に調べておいて、取り上げる章を限定した方が良かったですね。参加者の皆さんには大変申し訳ありません。
輪講を担当して頂いた中谷先生、そして代役を引き受けて頂いた酒井先生、飛野先生、ありがとうございました。
K. HIKI
